La République est agitée, en effet au sein du Sénat on est déchiré par les évènements. D'1 côté il y a la République prise en main par le Chancelier Palpatine élu depuis les évènements de Naboo 9 ans auparavents, et de l'autre côté il y a le mouvement Séparatiste appelé la Confédération des Systèmes Indépendants mené par le Comte Dooku un ancien Jedi. La solution face à la menace séparatiste serait de créer 1 armée, chose que la Sénatrice des Naboo, Padmé Amidala, ancienne Reine de la planète, refuse catégoriquement. Lorsqu'elle se rend sur Coruscent afin d'effectuer le vote sur la question, elle est victime d'1 attentat dont elle sort indemne grâce à sa doublure qui elle est tuée. Inquiets de sa situation, le Chancelier et le Conseil Jedi decident de mettre 1 protection au service de la Sénatrice. Ce sera Obi-Wan Kenobi est son Padawan Anakin Skywalker qui seront chargés de cette tâche.
Après 1 seconde tentative d'attentat contre Padmé, Obi-Wan décide de se rendre sur la planète Kamino seule piste qui pourrait élucider l'affaire, pendant ce temps, Anakin est chargé de racompagner discrètement la Sénatrice sur Naboo et de la protéger là-bas en attendant les résulats de l'enquête menée par Obi-Wan.
Sur Kamino, Obi-Wan fait la connaissance du 1er Ministre de la planète Lama Tsu ainsi que de son assistante Taun We. Ils lui apprennent que cela fait longtemps qu'ils attendent la visite d'1 Maître Jedi suite à la commande effectuée il y a 10 ans par le Maître Sifo Dias, ce qui étonne Obi-Wan car ce Jedi est mort depuis longtemps. Quant à la commande, il s'agit d'1 armée de Clones destinée à la Republique. Obi-Wan rencontre alors le sujet d'orgine, 1 Chasseur de prime du nom de Jango Fett ainsi que de son "fils" qui est en réalité son clone, Boba. Jango explique au Maître Jedi qu'il a été recruté par 1 certain Seigneur Tyrannus et déclare ne pas connaître le Maître Sifo Dias. Obi-Wan soupçonne alors le Chasseur de prime d'être celui qui attente à la vie de Padmé. Avec l'accord du Conseil il tente en vain de capturer Jango et le suit jusqu'à la planète Géonosis.
De son côté, Padmé, sur Naboo, explique la situation à la Reine Jamilia. Pour garantir au mieux sa sécurité elle suggère de se rendre dans la Contrée des Lacs, 1 endroi beau et calme, avec son garde du corps, Anakin et R2-D2 qui la suit partout où elle va. Très vite des tensions surgissent car Anakin est très amoureux de Padmé mais celle-ci refuse de céder: il est Jedi et n'a pas le droit d'aimer, elle est Sénatrice et doit donner corps et âmes à la République. D'autre part, Anakin fait des cauchemards sur sa mère et il décide, par conséquent de partir sur Tatooïne avec Padmé et R2. Sur place, ils apprennent de Watoo que celui-ci a vendu Shmi, la mère d'Anakin, à 1 fermier Cliegg Lars, ce dernier l'aurait affranchie et épousée. Les 2 jeunes gens se rendent alors à la ferme des Lars et font la connaissance de Cliegg Lars, de son fils Owen, de la fiancée de celui-ci, Béru et ils retrouvent également C-3PO plus habillié que lorsqu'Anakin était parti. Cliegg explique que Shmi a été enlevée par les pillards Tusken, sur ce, Anakin part à sa recherche mais il ne peut la sauver à temps et Shmi meurt dans les bras de son fils. Fou de colère, Anakin massacre tout le campement des Hommes des Sables sans aucune pitié et ramène à la ferme le corps de sa mère pour y être enterrée.
Pendant ce temps, Obi-Wan est sur Géonosis, toujours sur la trace de Jango et inspecte les lieux. C'est alors qu'il surprend 1 conversation entre le Chef des Séparatistes, le Comte Dooku et Nute Gunray, le Vice-Roi de la Fédération du Commerce. Comprenant que tout ceci n'est pas normal il tente d'avertir le Conseil. Mais Coruscent est trop éloigné et le Maître Jedi se dit qu'en passant le message par Anakin sur Naboo,il pourrait alerter le Conseil. Quelle est la surprise lorsqu'Obi-Wan constate qu'Anakin n'est plus sur Naboo mais sur Tatooïne!!! Il transmet son message mais ne peut l'achever car il est surpris et arrêter.
Sur Tatooïne, Anakin reçoit le message et le transmet à Coruscent. Les Jedi lui ordonnent de protéger coûte que coûte la Sénatrice pendant qu'ils délivreront Obi-Wan. Décidée de ne pas rester les bras croisés Padmé prend les commandes de son vaisseau pour porter secours à Obi-Wan car selon elle, les Jedi risquent d'arriver trop tard. Sur la planète, ils parviennent à pénéter dans 1 complexe géonosien accompagné de R2 et 3-PO qui ont fait eux aussi le voyage. Il se font eux aussi arrêter et condamner à mort, car Padmé refuse que Naboo entre dans le mouvement Séparatiste de Dooku.
Sur Coruscent, le Chancelier Palaptine acquiert les pleins pouvoirs et donne le feu vert pour la création d'1 armée pour la République. Maître Yoda se rend sur Kamino pour inspecter l'armée des Clones pendant que le Maître Windu va sur Géonosis.
Avant d'entrer dans l'arène où ils seront jetés en pâture aux créatures, Anakin et Padmé s'avouent leur amour. Ils sont ensuite attachés sur des poteaux près d' Obi-Wan lui aussi condamné pour na pas avoir voulu suivre Dooku. Les 3 amis réussirent à vaincre les bêtes et soudain, Maître Windu et ses Jedi surgissent pour secourir les condamnés. Tous doivent faire face aux forces droïdes séparatiste et au cours de ce combat, Mace Windu décapite Jango Fett. Malheureusement ils sont dépassés par le nombre des droïds et il ne doivent leur salut uniquement grâce à l'intervention de Yoda et les Clones.
La victoire est proche pour la République, et Obi-Wan décide que son apprenti et lui doivent vaincre Dooku.Arrivée devant le Comte, Anakin n'écoute que son orgueil et se jete sur Dooku qui le repousse grâce à la foudre Sith. Obi-Wan prend le relai mais il est lui aussi battu. Anakin reprend ses forces et repart en duel mais Dooku lui tranche le poignet. Intervient alors Yoda qui mène avec Dooku 1 combat mesurant leur Force, puis avec leurs sabres laser. Dooku arrive tout de même à s'échaper et il se rend sur Coruscent où l'attend son Maître le Seigneur Sidious. On apprend alors que Dooku est le Seigneur Dark Tyrannus puisque c'est par ce nom que Sidious accueille le Comte qui est son apprenti.
Au Conseil, Obi-Wan fait part à Yoda et Mace de la révalation faite par Dooku: 1 Seigneurs Sith du nom de Dark Sidious contrôlerai le Sénat. Les Jedi se mettent d'accord sur le fait qu'il faut désormais surveiller le Sénat de très près. D'autre part ils auront fort à faire puisque la guerre entre République et Séparatiste est déclarée: ainsi commence la Guerre des Clones.
Anakin raccompagne Padmé sur Naboo. Là-bas, ils se marient avec pour seuls témoins R2 et 3-PO.